行政院環保署因應網路時代來臨響應節能減碳政策，致力推動環保許可證之申請、付費及核發網路化作業，規劃於環境保護許可管理系統(以下簡稱EMS資訊網)中，導入電子簽章機制，並增加線上付費、核發電子許可證及電子公文發送等功能，苗栗縣政府環境保護局呼籲業者針對許可證電子e化作業可提早瞭解因應。
苗栗縣政府環境保護局局長劉伯舒指出，為求提升申請作業效率，環保署預計於101年12月完成全國電子付費作業推動，作業方式為各公私場所以電子憑證(即工商憑證或自然人憑證)登入EMS資訊網，進行許可申請資料填報，填寫完成後並以電子憑證進行電子簽章送交地方環保機關進行審查，環保機關於審查過程時同樣以電子簽章確認該申請文件，並通知公私場所進行繳費，共提供三種電子付費(信用卡、晶片金融卡、金融帳戶)方式可繳納審查費及證書費。
苗栗縣政府環境保護局表示，公私場所若對於環保署推動環保許可證電子化作業方式有相關疑問可撥免付費專線0800-059-777諮詢，或至EMS資訊網專區（http://ems.epa.gov.tw/Anonymous/EmsArea.aspx）下載環保署環境保護許可管理資訊網作業手冊進行查詢。
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